Pour désigner une personne morale, l'emploi du masculin est le plus courant (un entrepreneur), mais l'emploi du féminin est admis.
Les deux formes féminines sont en usage, et acceptées. Or, si la forme entrepreneure est admise, c'est la forme entrepreneuse, dont le mode de formation est régulier, qui est privilégiée. Voir, à ce sujet, l'article Féminin des appellations de personnes en ‑eur de la Banque de dépannage linguistique.