Le terme méthodes agiles à grande échelle, calqué sur l'anglais large-scale agile methods, est acceptable en français. En effet, la locution à grande échelle signifie « en grande proportion » ou « de façon très importante ». Voir, à ce sujet, l'article Les prépositions à, de, dans et sur devant échelle de la Banque de dépannage linguistique.
Le terme méthodes agiles à l'échelle, calqué sur l'anglais agile methods at scale, est acceptable en français. En effet, la locution à l'échelle de signifie « à la mesure de » ou « aux dimensions de ». Le segment « de l'entreprise » peut être omis dans ce terme, puisqu'il est sous-entendu.