Certains auteurs établissent une distinction entre le terme islamophobie, qui évoquerait davantage l'hostilité envers l'islam en tant que religion, et le terme musulmanophobie, qui référerait plutôt à l'hostilité manifestée à l'endroit des personnes ayant une appartenance réelle ou supposée à la religion musulmane.
Dans les termes islamophobie et musulmanophobie, le suffixe -phobie, du grec phobos « crainte », évoque davantage l'aversion ou l'hostilité plutôt que la peur.