Dans les expressions désignant ce concept, l'accord de l'adjectif informatisé est fluctuant puisqu'il se fait tantôt avec le mot échange, tantôt avec le mot documents ou données. Les deux formulations découlent de points de vue différents et sont acceptables puisque, même si c'est d'abord l'échange qui est informatisé au moyen de protocoles de communication standardisés, les documents impliqués, ou les données, ont eux aussi été informatisés pour répondre aux règles de transmission et d'échange.
Les termes échange de documents informatisés, échange de documents informatisé, échange de données informatisées et échange de données informatisé, créés en partie pour reproduire en français le sigle anglais EDI, se sont imposés dans l'usage. Cependant, le terme le plus naturel pour désigner ce concept serait échange informatisé de documents.
L'Office québécois de la langue française recommande que les sigles et les acronymes ne soient pas accentués. On écrira donc : EDI, et non ÉDI. À l'oral, on prononcera : [édi].
En contexte, ce sont les termes échange de données informatisées et échange de données informatisé qui sont les plus utilisé. Cependant, ces expressions métonymiques, quoique correctes, sont moins précises que les termes échange de documents informatisés et échange de document informatisé. En effet, ce sont d'abord des documents structurés qui sont transmis, ces documents contenant évidemment des données.